|
|
Kvantifikace nukleových kyselin pomocí TaqMan sond - možnosti a limity s ohledem na způsob odběru, stáří a kvalitu vzorku lidských tkání
Herzogová, Eva ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Kološtová, Katarína (oponent)
Metoda real-time PCR je varianta klasické PCR, která umožňuje kontinuálně monitorovat přírůstky DNA během každého cyklu a využívá se především k analýze genové exprese. Na základě předchozích experimentů jsme se rozhodli otestovat účinek antikoagulačních činidel EDTA, heparin, citrát sodný a CPDA na expresi vybraných genů imunologického spektra, a dále doby času od odběru krve do zpracování vzorku na hladiny mRNA vybraných genů, jež jsou dány změnami genové exprese a/nebo degradací mRNA. Pro kvantifikaci mRNA sledovaných genů jsme z leukocytů periferní krve izolovali celkovou RNA a tu přepsali pomocí reverzně transkriptázové PCR do cDNA, jež sloužila jako templát pro real-time PCR. Pro sledování změn exprese způsobených vlivem jednotlivých antikoagulačních činidel byla použita krev od 10 dobrovolníků (každý dárce krve byl odebrán do 3 vakuových zkumavek s antikoagulačním činidlem EDTA, heparinem a citrátem sodným). Deset vzorků buffy coatů jsme získali od dárců krve v transfuzních vacích s antikoagulačním agens CPDA. Buňky krve ovlivněné CPDA vykazovaly statisticky významně nižší hladiny mRNA genů TLR4, MYC a CCL2 ve srovnání s buňkami krve odebrané do jednoho ze 3 typů vakuet, a naopak, hladiny mRNA IL-10 a TNFa byly v buňkách těchto vzorků signifikantně zvýšeny. Antikoagulační agens používaná v...
|
|
|
Mitogenomická fylogeografie a adaptivní evoluce norníka rudého Clethrionomys glareolus
Filipi, Karolína ; Kotlík, Petr (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Práce je součástí projektu sekvenování genomu a transkriptomu norníka rudého (Clethrionomys glareolus). Význam selekce v evoluci mitochondriální DNA (mtDNA) je předmětem časté diskuse; zatímco některé studie nenašly důkazy, že by selekce významně ovlivnila fylogeografii studovaných druhů, jiné studie naopak adaptivní evoluci mtDNA přikládají velký význam. Norník rudý je hlavním modelem, na kterém studujeme adaptaci na klimatické změny. Jako v případě jiných druhů byla dosud fylogeografie norníka hodnocena na základě variability malé části mtDNA. Cílem mé práce ale bylo osekvenovat celou kódující část mitochondriálního genomu zástupců hlavních linií mtDNA norníka s využitím Sangerovy metody a technologie Illumina, a na příkladu tohoto druhu zhodnotit význam selekce a adaptace v evoluci a fylogeografii. Ačkoli adaptivní evoluce v mtDNA patrně nehrála klíčovou roli při postglaciální kolonizaci Evropy, známky adaptace v mtDNA norníka nalézt můžeme - identifikovala jsem záměnu aminokyseliny s možným funkčním významem a některé populace nacházející se na okrajích areálu rozšíření (severním a jižním) vykazují signifikantní změny fyzikálně-chemických vlastností proteinů kódovaných v mtDNA. Klíčová slova: adaptace, molekulární evoluce, populační genetika, sekvence DNA, mitochondriální DNA, mtDNA, cDNA,...
|
|
|
Klastrování genů s podobným regulačním mechanismem během monocytární a garanulocytární diferenciace buněk HL-60
Koutná, I. ; Faltýsková, E. ; Krontorád, P. ; Svoboda, Z. ; Pavlík, T. ; Bártová, Eva ; Kozubek, Michal ; Kozubek, Stanislav
V předkládané studii byly pomocí vysokokapacitních cDNA čipu obsahujících 19,000 sekvencí, provedeny studie expresních profilů promyelotických leukemických buněk HL-60 diferencujících do monocytů (MD) a granulocytů (GD). Jako diferenciační činidlo pro monocytární diferenciaci bylo použito TPA (12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate) a pro granulocytární proces DMSO. Studiem expresních profilů bylo zjištěno že v průběhu MD signifikantně měnilo expresi 4625 genů a v průběhu GD 4760 genů. Geny obou diferenciací byly rozděleny do podle typu kinetiky s jakou se účastní diferenciace do tzv. R-skupin. Bylo zjištěno, že geny z jednotlivých R-skupin nejsou nenáhodně rozprostřeny na chromosomových teritorií, ale formují na chromosomech klastry. Skupiny genu s podobnou kinetikou regulace tedy můžeme najít na chromosomech blízko sebe.
|
|
| |
host ::
RSS.